Les malalties autoimmunes parteixen d'un error del nostre sistema immunològic. Per determinades causes encara no del tot conegudes (predisposició genètica, factors externs, etc.), falla la tolerància interna del sistema immune. És a dir, el sistema defensiu immune, la funció natural del qual és combatre infeccions externes així com eliminar estructures defectuoses del nostre organisme, no reconeixen com a pròpies a determinades parts del nostre cos. En conseqüència, les ataquen.